【明智あんな】は、マコトミライタウンに暮らす14歳の中学２年生！ 誕生日に現れた妖精【ポチタン】と お部屋にあったペンダントに導かれて2027年から1999年のまことみらい市にタイムスリップ…！ そこで出会ったのは、名探偵に憧れている14歳の女の子【小林みくる】！ そんな中、事件発生！？ 大切なものを盗まれて困っている人がいるみたい…！ 事件は【怪盗団ファントム】のしわざ…！？ 困っている人を見逃せない…！ そんな思いから、あんなとみくるは【名探偵プリキュア】に変身!! 名探偵プリキュアがみんなの笑顔を推理で守る！ 「そのナゾ！キュアット解決！」 そして、あんなは元の時代に戻ることができるのか…！？