まだ幼かったあの日。 父はアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。 アネモネの小さな胸に深く残る後悔。彼女の心を支えたのは、 ぬいぐるみのガリバーとAIコンシェルジュ・ドミニキッズ。 ７年が経過し、アネモネは父が散った戦場――東京にいた。 アネモネは実験部隊アシッドが実行する作戦の要として、 人類の敵「７番目のエウレカ＝エウレカセブン」と戦わなくてはならないのだ。 エウレカセブンにより追い詰められた人類は、もはやアネモネに希望を託すしかなかった。 そしてアネモネは、エウレカセブンの内部へとダイブする――。