近未来、地球は超巨大企業「Ｐ．Ｃ」（ペルソナ・センチュリー）により、約9割の土地を支配されていた。 残りの1割は「ダークサイド」と呼ばれており、その場所はかつての日本の新宿区歌舞伎町であった。 そしてある時、「Ｐ．Ｃ」へ数人のテロリストが潜入するが、一人を除き、全員射殺されるという事件が起こった。 逃げた一人達也は「ダークサイド」へ逃げ、不良グループ″メシア″のメンバー、舞衣、ケンゾー達と協力し、反旗を翻す計画を立てるのであった…