主角星野铁郎受母亲的影响，希望搭上银河铁道999，到达可以获得免费改造成机械身体权利的安达罗星云，母亲却被机械伯爵所杀，后来遇上谜样的女子，给他的车票，于是搭上列车，展开旅程，途中经过宇宙中各种不同的星星，发生各种事情。 　　连环画版中的结尾，铁郎向梅戴尔表白自己的喜爱，她婉转的拒绝了并在铁郎回到地球后搭乘999号列车去寻找自己真正的身体。